XVII wiek. Do ogarniętej prześladowaniami i przemocą Japonii przybywają dwaj jezuiccy księża, którzy chcą odnaleźć dawnego mentora oraz głosić Słowo Boże.

XVII wiek. Dwóch młodych jezuitów pokonuje tysiące kilometrów, aby potajemnie przedostać się do Japonii, gdzie toczy się bezwzględna walka z chrześcijaństwem. Misjonarze poszukują swojego nauczyciela, słynącego z odwagi kapłana, o którym krążą plotki, że wyrzekł się wiary katolickiej i został buddyjskim mnichem. To, czego doświadczą, wystawi ich umiejętności przetrwania, a także wszystko, w co wierzą na najcięższą próbę. "Milczenie" to najmocniejszy, a jednocześnie najbardziej osobisty film w karierze Martina Scorsese. Amerykański twórca poszukuje odpowiedzi, dotyczących istoty i sensu religii, a także wierności swoim przekonaniom w świecie, w którym płaci się za nią najwyższą cenę.